O PCCB-UERN participa de forma ativa na elaboração e execução de políticas públicas para a conservação da biodiversidade e dos ambientes costeiros e marinhos no âmbito regional, nacional e internacional. 

Participa da elaboração de protocolos de condutas de resgate e manejo de animais marinhos, Planos de Ações Nacionais para a Conservação de Espécies Ameaçadas (PAN), Avaliação de Espécies Ameaçadas do Brasil e outras estratégias conduzidas por órgãos ambientais federais e estaduais. O PCCB-UERN é instituição fundadora (2000) e membro da Rede de Encalhes de Mamíferos Aquáticos do Nordeste (REMANE) e da Rede de Encalhes e Informação de Mamíferos Aquáticos do Brasil (REMAB), com área de atuação em todo litoral do Rio Grande do Norte.  Também é fundadora (2012) e membro da Rede de Conservação de Tartarugas Marinhas do Nordeste (RETAMANE), com área de atuação no litoral do Rio Grande do Norte e porção leste do litoral cearense (Icapuí até Aquiraz).

No âmbito internacional, é uma das instituições que integra a Rede de Conservação das Tartarugas Marinhas do Atlântico Sul Ocidental (RED ASO). Contribui também para a preparação de Relatórios de Progresso da Comissão Internacional da Baleia.

O PCCB-UERN desenvolve também projetos em parceria com: a Fundação Guimarães Duque (FGD), que é uma fundação vinculada à Universidade Federal Rural do Semiárido (UFERSA); com a Fundação para o Desenvolvimento da Ciência, Tecnologia e Inovação do Estado do Rio Grande do Norte (FUNCITERN), que é vinculada à Universidade do Estado do Rio Grande do Norte (UERN); com o  Laboratório de Morfofisiologia de Vertebrados, vinculado à Universidade Federal do Rio Grande do Norte (UFRN); com o Centro de Reabilitação de Mamíferos Marinhos (CRMM/AQUASIS) e o Centro de Estudos e Monitoramento Ambiental (CEMAM).

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